Do đã ra đời cách đây 2.500 năm, trong bối cảnh xã hội phong kiến nên một số nội dung của Nho giáo tỏ ra không còn phù hợp trong bối cảnh xã hội mới. Do vậy, việc nắm bắt những điểm hạn chế của Nho giáo trong bối cảnh hiện đại được nhiều học giả quan tâm nghiên cứu, nhằm "gạn đục khơi trong" để vừa có thể kế thừa các ưu điểm của Nho giáo, vừa có thể tránh lặp lại các hạn chế của học thuyết này[200]

Tư duy giáo điều

Lễ trong Nho giáo là sợi dây kiềm chế suy nghĩ và hành động để con người tuân theo đạo đức, nhưng khi bị lạm dụng thì nó trở nên cứng nhắc theo một khuôn phép cũ, dẫn tới tư duy mang tính bảo thủ, tiêu cực. Chính mặt hạn chế này của Nho giáo đã để lại tàn dư cho đến tận ngày nay, nó trở thành phong tục, lối sống, nó thấm sâu vào suy nghĩ và hành động của không ít người ở các nước phương Đông, nơi tiếp nhận và chịu ảnh hưởng của Nho giáo[200]

Tư tưởng chính danh trong Nho giáo khi bị lạm dụng sẽ gây ra kìm hãm tự do nhân cách, hạn chế sáng kiến mới của con người, làm cho con người luôn ở trạng thái nhu thuận, chỉ biết phục tùng theo chủ trương “thuật nhi bất tác” (chỉ thuật lại mà không sáng tác gì thêm).[200] Một đặc điểm nổi trội của các học giả Nho giáo thời xưa là lối tư duy trọng cổ, thích đem những điều tốt đẹp của người xưa ra làm chuẩn mực cho đời nay noi theo vì vậy khi xử lý các vấn đề mới chưa từng có trong lịch sử, giới Nho sĩ thường lúng túng dẫn đến tư duy hạn hẹp, tầm nhìn ngắn, hạn chế trên nhiều phương diện. Nhất là khi tiếp xúc với nền văn minh phương Tây có quá nhiều điểm khác biệt mà người phương Đông chưa từng biết đến, những người xuất thân Nho học thường tự thu mình lại, tự cô lập và cách biệt, tự đóng khung mình trong những khuôn khổ cũ có sẵn do thế hệ trước tạo dựng, ngại hòa nhập và khó hòa hợp khiến những cái mới khó xâm nhập. Cũng vì quá cảnh giác với các thế lực ngoại bang nên hệ thống chính quyền dựa trên tư tưởng Nho giáo thường "dị ứng" với những biến đổi nội tại và ảnh hưởng của ngoại lai, từ đó sẽ cản trở việc tiếp thu cái mới và hậu quả là cản trở sự phát triển của chính hệ thống.[221]

Tư tưởng chạy theo danh vọng

Tư tưởng chính danh của Nho giáo quá đề cao danh phận. Một mặt nó giúp con người biết phấn đấu vươn lên, giành địa vị cao trong xã hội, nhưng nếu tư tưởng này bị lạm dụng thì sẽ khiến cho con người có tư tưởng hám danh, chạy theo danh, theo chức đến mức quên cả luân thường đạo lý[200].

Bất bình đẳng xã hội

Mục đích của chính danh mà Nho giáo đề cao là sự ổn định xã hội, nhưng được các triều đại phong kiến dùng để bảo vệ quyền của thiên tử, duy trì sự phân biệt đẳng cấp[200]. Nho giáo chỉ chú trọng đến phương diện đạo đức nên nó chưa hướng con người đến sự phát triển đầy đủ, toàn diện. Hơn nữa, mặc dù vẫn khẳng định tu thân là nhiệm vụ của tất cả mọi người, từ thiên tử cho đến dân thường, song Nho giáo nhấn mạnh đến việc học tập, tu dưỡng của những con người thuộc giai cấp thống trị, vạch ra những tiêu chí phấn đấu cụ thể cho giai tầng này - mà mục đích tối cao là nhằm để xây dựng xã hội thái bình, thịnh trị vì chỉ có những người thuộc tầng lớp đó mới có đủ điều kiện và khả năng để lãnh đạo, quản trị quốc gia. Mặt khác, trên thực tế giai cấp phong kiến qua các triều đại thường đề ra những quy tắc, chuẩn mực khắt khe để gò ép thần dân của mình vào khuôn khổ của lễ giáo nhưng cũng có những cá nhân của giai cấp này phớt lờ những yêu cầu đạo đức do chính họ đề ra.[222]

Do là một hệ thống triết học ôn hòa, bảo vệ cho lễ giáo và trật tự xã hội nên Nho giáo không nhấn mạnh vai trò và sức mạnh “cải tạo xã hội” của những con người và gia đình, gia tộc thuộc tầng lớp bị áp bức, bóc lột[223].

Sự đề cao gia đình, gia tộc theo quan niệm của Nho giáo khi bị làm dụng quá mức đã dẫn đến tác dụng phụ, đó là hiện tượng đặt tình cảm gia đình quá nặng; sự tính toán cho danh lợi riêng của gia đình mình quá lớn, dẫn đến sự ra đời và tồn tại dai dẳng của chế độ gia đình trị. Đó là các gia đình thuộc tầng lớp thống trị sẽ dùng sức mạnh gia đình riêng của mình để thống trị cả nước và thiên hạ. Mặc dù chế độ phong kiến bị xóa bỏ, nhưng chế độ gia đình trị vẫn còn tồn tại dưới nhiều hình thức biến tướng khác nhau. Trong phạm vi một tổ chức, một cơ quan, nhất là ở các địa phương và khu vực nông thôn vẫn còn nhiều kiểu biến dạng của chế độ gia đình trị. Hiện tượng đó dẫn đến sự vi phạm quyền làm chủ của dân, bóp nghẹt dân chủ, kéo bè kéo cánh, cửa quyền, gây thiệt hại tài sản chung, cản trở và làm chậm bước tiến đổi mới. Đó chính là tình trạng “gia đình hóa” các cơ quan nhà nước, các đoàn thể xã hội, các công việc chung, của công, các quan hệ đồng nghiệp đang trở nên phổ biến. Ảnh hưởng nữa rất rõ của biểu hiện này đó là tác phong gia trưởng trong các tổ chức và cơ quan công quyền. Ở nhiều nơi, thủ trưởng được coi như người gia trưởng và cơ quan được coi như là một gia đình. Thủ trưởng có thể ban ơn hay quở trách tùy theo sự yêu mến hay ghét bỏ của mình. Tác phong gia trưởng ấy bắt nguồn từ lối sống và lối làm việc gia đình chủ nghĩa đã tồn tại lâu dài trong nhiều thế kỷ. Hậu quả của nó là sự trì trệ, bảo thủ, quan liêu trong tư duy và hành động.[223].

Việc cai trị gắn liền với tam cương, ngũ thường, tam tòng, tứ đức, chính danh... được triều đại phong kiến sử dụng để biện minh cho lối cai trị, quản lý xã hội một cách tùy tiện, chuyên quyền, không dân chủ (nhất là khi các nhân các vị vua là bạo chúa hoặc có tư chất kém cỏi). đã nhiều năm thấm vào hệ thống quyền lực xã hội, hệ thống giáo dục, vào suy nghĩ và hành xử của con người... ngày nay vẫn tạo ra vướng mắc, cản trở sự phát triển của xã hội.[221]